从汉朝开始，贝加尔湖就属于中国也就是苏武牧羊的北海，现如今已经是而俄罗斯的了。

贝加尔湖的寓意，有三个各不相同的答案：《世界文化与自然遗产情景写真地图版》的解释是“富饶的湖泊”；《彩图版世界文化与自然遗产》则这样记叙：当地的布里亚特人称之为“贝加尔—达拉伊”，意思是“天然之海”；而《世界奇景探胜录》的文字却是：“贝加尔”之名据说是大约1300年前住在这里的库里堪人起的，意思是“大量的水”

贝加尔湖一词来源于古肃慎语（满语）“贝海儿湖”，中国汉朝时候称其为“北海”，英文“baykal”一词为汉语音译，俄语称之为“baukaji”源出蒙古语，是由“saii”（富饶的）加“kyji”（湖泊）转化而来，意为“富饶的湖泊”，因湖中盛产多种鱼类而得名。根据布里亚特人的传说，贝加尔湖称为“贝加尔达拉伊”意为“自然的海”。

贝加尔湖最早出现在书面记载中是在公元前110年前，中国汉代的一个官员在其札记中称贝加尔湖为“北海”，这可能是贝加尔湖汉语名称的起源。关于贝加尔湖名称来源还有一种简单解释：突厥人称贝加尔湖为“富裕之湖”，突厥族语“富裕之湖”逐渐演化成俄语的“贝加尔湖”。我国汉代称之为“柏海”，元代称之为“菊海”，18世纪初的《异域录》称之为“柏海儿湖”，《大清一统志》称为“白 哈儿湖”。蒙古人称之为“达赖诺尔”，意为“海一样的湖”，早期沙俄殖民者亦称之为“圣海” 。 最早生活在湖边的居民是距今七千年前的肃慎族系先民，后人从他们留下的壁画等物来了解他们的生活方式。在湖岸的萨甘扎巴悬崖壁上刻着海东青、天鹅、鹿、狩猎台、跳舞的萨满巫师等图画，这些图画在1881年被发现。另外，在湖岸上，沿着路边还建有许多石祭台。这些图画和祭台可能是早期居民的生活见证 。

公元前6～前5世纪，突厥族库雷坎人从东方迁移至贝加尔湖边，他们在这里遇到了土著居民埃文基人（中国称鄂温克人）。埃文基人以捕鱼、采集野果和养鹿为生。

在西汉时期，“贝加尔湖”是在匈奴的控制范围之内，名曰“北海”，苏武被匈奴王单于流放到“北海”去牧羊。苏武在北海边艰难熬过19年，最后回到汉都长安。

在东汉、三国和西晋时期，“贝加尔湖”是在鲜卑的控制范围之内，名亦曰“北海”；在东晋十六国时期，“贝加尔湖”改称为“于巳尼大水”；南北朝时期，“贝加尔湖”先被柔然控制，后又被突厥控制，名仍称为“于巳尼大水”；隋朝时期，“贝加尔湖”被东突厥控制，复改称“北海”；到了唐朝前期，“贝加尔湖”成为大唐帝国版图的一部分，归关内道骨利干属，“贝加尔湖”也改称为“小海”；后东突厥（史称后突厥）复国，“贝加尔湖”复归突厥，后又归回鹘所辖，仍称“小海”；宋朝，“贝加尔湖”被蒙古八剌（音là）忽部控制；13世纪，蒙古后裔布里亚特人也来到贝加尔湖地区。无论是突厥人还是布里亚特人都没能改变埃文基人的生活方式。蒙元时期，“贝加尔湖”又 划入蒙古帝国版图，属“岭北行省”；明朝时期，“贝加尔湖”被瓦剌不里牙惕部控制；

清圣祖康熙三十六年(1697年)和清高宗乾隆二十二年1757年，喀尔喀蒙古和准噶尔蒙古分别先后被清军控制或征服。不过之前在清俄《尼布楚条约》中，属于布里亚特蒙古的贝加尔湖以东地区被康熙皇帝划归俄罗斯帝国，清世宗雍正帝在位期间划分清俄中段边界的《布连斯奇条约》和《恰克图条约》签订后，标志着中原王朝最终与贝加尔湖彻底隔离。1908年6月30日，在湖西北方800千米处发生了通古斯大爆炸，部分影响了湖附近的森林。

1643年，叶尼塞哥萨克库尔巴特·伊万诺夫来到贝加尔湖地区时，布里亚特人已经是贝加尔湖地区的“主人”了。库尔巴特绘制了贝加尔湖及注入河流的平面图，这是历史上对贝加尔湖的第一次直观描述。不久后，大司祭阿瓦库姆在生活记录中也描述了贝加尔湖，1655年，他在流放途中经过了贝加尔湖的一些地方。

1729年，彼得大帝派德国人达·梅塞施米特考察西伯利亚，他对贝加尔湖进行了第一次科学考察。20世纪初，学者们绘制出了贝加尔湖的第一张全图，并测量了湖深。1977年，苏联学者使用深水考察仪“派西斯”对贝加尔湖进行了考察，湖里的许多秘密在考察仪的探照灯下“曝光”了，此前一些被怀疑存在的东西也从黑暗的湖里“走”了出来，这件事当时轰动一时。迄今为止，没有仪器能探测贝加尔湖湖底，湖的最深处并不是1637米，现还无法探测。