1988年，经国务院批准成立甘肃祁连山国家级自然保护区，位于甘肃省境内祁连山北坡中、东段，地跨武威、金昌、张掖3市8县(区)。设置于张掖市的甘肃省祁连山国家级自然保护区管理局职能是以管护为主，积极造林，封山育林，不断扩大森林面积，提高水源涵养能力。

祁连山脉位于中国青海省东北部与甘肃省西部边境，有多条西北-东南走向的平行山脉和宽谷，是庞大山系，因位于河西走廊南侧张掖市境内，又名张掖南山。

祁连山系东西长800公里，南北宽200～400公里，海拔4000～6000米，共有冰川3306条，面积约2062平方公里，西端在当金山口与阿尔金山脉相接，东端至黄河谷地，与秦岭、六盘山相连，长近1000千米。属褶皱断块山，最宽处在张掖市与柴达木盆地之间，达300千米；自北而南，包括大雪山、托来山、托来南山、野马南山、疏勒南山、党河南山、土尔根达坂山、柴达木山和宗务隆山，山峰多海拔4000～5000米，最高峰疏勒南山的团结峰海拔5808米，海拔4000米以上的山峰终年积雪，山间谷地也在海拔3000～3500米之间。

它是中国西部一条重要的生态屏障，1988年在祁连山北部的中东段设立甘肃省祁连山国家级自然保护区，跨越张掖、武威、金昌三市。甘青两省开展祁连山国家公园体制试点。

2018年4月24日，青海省已注销祁连山矿业权。

“祁连”系匈奴语，匈奴呼天为“祁连”，祁连山即“天山”之意。因位于河西走廊之南，历史上亦曾叫南山，还有雪山、白山等名称。

广义的祁连山脉，是甘肃省西部和青海省东北部边境山地的总称。在青海境内位于柴达木盆地北缘，茶卡—沙珠玉盆地，黄河干流一线之北，北至省界，西起当金山口，东至青海省界。地理坐标：东经94°10'-103°04'，北纬35°50‘-39°19′。狭义的祁连山是指祁连山脉最北的一支山岭。

水资源状况

祁连山储水以冰川为主，冰川融水出流形成祁连山水系。现已查明祁连山共有冰川3066条，总面积2062.72平方公里。储水量1320亿立方米。祁连山水系呈辐射－格状分布。辐射中心位于北纬38°20′，东经99°，由此沿冷龙岭至毛毛山一线，再沿大通山、日月山至青海南山东段一线为内外流域分界线，此线东南侧的黄河支流有庄浪河、大通河、湟水，属外流水系；西北侧的石羊河、黑河、托来河、疏勒河、党河，属河西走廊内陆水系；哈尔腾河、鱼卡河、塔塔棱河、阿让郭勒河，属柴达木的内陆水系；还有青海湖、哈拉湖两独立的内陆水系。河流流量年际变化较小，而季节变化和日变化较大。祁连山脉东部的乌鞘岭、冷龙岭、日月山一线是中国西北地区内流区与外流区的分界线。此线以东的庄浪河、大通河、湟水皆汇入黄河，此线以西的河流皆为内流河。

植被分布

祁连山区植被较好，有许多天然牧场。自海拔2000m向上，植被垂直带分别为荒漠草原带（海拔2000～2300m）、草原带（2300～2600m）、森林草原带（2600～3200m）、灌丛草原带（3200～3700m）、草甸草原带（3700～4100m）和冰雪带（>4100m）。其中森林草原带和灌丛草原带是祁连山的水源涵养林，大通河、石羊河、黑河等河流发源于此，是河西走廊绿洲的主要水源。祁连山区的气候变化会直接影响其周围植被的好坏，从而影响当地经济的发展。

冰川水系

古冰川冰碛地貌广泛分布于北坡2700~2800米以上地区。现代冰川下限，北坡为4100~4300米，南坡4300~4500米，且西部较东部高200~300米。现代冰川主要分布在中、西段，雪线一般介于海拔4500-5000米，雪线从东向西升高，最大的冰川是大雪山老虎沟12号冰川，长10公里，面积21.45平方公里。祁连山中段的"七一"冰川是中国有名的冰斗山谷冰川，长3.5公里，面积3.64平方公里，末端海拔4200米。近百年来，冰川处于退缩阶段。已查明祁连山共有冰川3066条，总面积2062.72平方公里。储水量1320亿立方米。其中走廊南山、疏勒南山和党河南山冰川最多，疏勒南山、土尔根达坂和走廊南山冰川规模最大。

祁连山水系呈辐射-格状分布。辐射中心位于北纬38°20′，东经99°附近的所谓"五河之源"，即托来河(北大河)和布哈河源头。由此沿至毛毛山一线，再沿大通山、至青海南山东段一线为内外流域分界线，此线东南侧的黄河支流有庄浪河、大通河，属外流水系;西北侧的、黑河、托来河、疏勒河、党河，属河西走廊内陆水系;哈尔腾河、鱼卡河、塔塔棱河、阿让郭勒河，属柴达木的内陆水系;还有、哈拉湖两独立的内陆水系。上述各河多发源于高山冰川，冰川融水补给为主，冰川补给比重西部远大于东部。河流流量年际变化较小，而季节变化和日变化较大。

祁连山草原

土壤与植被相对应。

东段北坡:灰钙土带-山地栗钙土带-山地黑土(阳坡)和山地森林灰褐土(阴坡)带-高山草甸土(阳坡)和高山灌丛草甸土(阴坡)带-高山寒漠土带。

南坡:灰钙土带-山地栗钙土(阳坡)和山地森林灰褐土(阴坡)带-高山草甸土(阳坡)和高山灌丛草甸土(阴坡)带-高山寒漠土带。

西段北坡:棕荒漠土带-山地灰钙土带-山地栗钙土带-高山寒漠土带;

祁连山下有一片水草丰美的草原，那就是夏日塔拉(也叫黄城滩、皇城滩、大草滩)。这里曾是匈奴王的牧地，回鹘人的牧地，元代蒙古王阔端汗的牧地。夏日塔拉是一片四季分明、风调雨顺的草原。清人梁份所著的地理名著《秦边纪略》中说:"其草之茂为塞外绝无，内地仅有。"作者是将此地看作内地是因为当时游牧人和农耕人正在争夺这一地区。藏族史诗《格萨尔》中说这一片草原是"黄金莲花草原"。而尧熬尔人和蒙古人均称之为"夏日塔拉"，意为"黄金牧场"。