玉树藏族自治州，藏语意为“遗址”，是青海省第一个、全国第二个成立的少数民族自治州。位于青海省西南青藏高原腹地的三江源头，平均海拔在4200米以上。介于东经89°27′～97°39′，北纬31°45′～36°10′，自治州东西最长738公里，南北最宽处406公里，土地总面积26.7万平方公里，占青海省总面积的37.2%。下辖玉树1市、称多、囊谦、杂多、治多、曲麻莱5县，共10镇，35 乡，257个村（牧）委会。

玉树州成立于1951年12月，是全国30个少数民族自治州中主体民族比例最高、海拔最高、人均占有面积最大、生态位置最重要的一个自治州。长江、黄河、澜沧江三大河流均发源于本地，三江源自然保护区和可可西里自然保护区覆盖自治州全境，素有江河之源、名山之宗、牦牛之地、歌舞之乡和中华水塔之美誉。

自治州首府玉树市结古镇是历史上唐蕃古道的重镇，也是青海、四川、西藏交界处的民间贸易集散地。

玉树古为西羌牦牛种地；魏晋南北朝时属苏毗王国。

隋称“女国”，隋朝前后为苏毗和多弥二国辖区，唐时为吐番的孙波如，宋时为黎州属下的囊谦小邦之地，元朝归吐蕃等路宣慰司管辖。

明属朵甘思宣慰司，；明末清初玉树各部头人为青海蒙古和硕特部赠爵为诸台吉；清朝受青海办事大臣直接管辖，为囊谦千户领地，下有百户独立长

玉树藏族自治州

等部落。

民国初，隶青海办事长官，旋政隶蒙番宣尉使和甘边宁海镇守使。民国六年（1917年）设玉树理事，民国十八年（1929年）改为玉树县，辖今自治州全境。设置玉树、囊谦、称多3县，统由玉树行政督督察专员公署管辖，县之下千百户制度因袭如故。

1949年10月，青海省人民解放军军政委员会驻玉树特派员办公处成立。

1949年设玉树专区，专署驻玉树县。辖玉树（驻结古）、称多（驻周均）、囊谦（驻香达）3县。

1951年12月25日玉树专区改为玉树藏族自治区，辖称多、囊谦2县；撤销玉树县建制。1952年恢复玉树县建制，由玉树藏族自治区领导。玉树藏族自治区辖3县。

1953年由玉树、囊谦2县西部地区合并设置扎朵县；辖4县。1954年原扎朵县改为杂多县（驻于玉日本）；由玉树县部分地区设治多县（驻加吉博洛格）；原由省直辖的曲麻莱区改设曲麻莱县，划入玉树藏族自治区；辖6县。1955年玉树藏族自治区改设玉树藏族自治州，自治州人民委员会驻玉树县；辖玉树、囊谦、称多、杂多、曲麻莱、治多等6县。

1959年以玉树、囊谦、杂多、治多4县部分地区设置江南县（在长江南岸，驻甘宁生多）；以称多、治多2县部分地区设置天河县（在长江北岸，驻卡隆云）；辖8县。1960年江南县驻地由江南甘宁生多迁驻节综地区。

1962年，撤销江南县，并入玉树县；撤销天河县，并入称多、曲麻莱2县；玉树藏族自治州辖玉树（驻结古）、称多（驻周均）、囊谦（驻香达）、杂多（驻于玉日本）、治多（驻加吉博洛格）、曲麻莱（驻色吾沟）等6县。

1977年曲麻莱县由色吾沟迁驻野仓滩；玉树藏族自治州辖玉树（驻结古）、称多（驻周均）、囊谦（驻香达）、杂多（驻于玉日本）、治多（驻加吉博洛格）、曲麻莱（驻野仓滩）等6县。

2001年10月15日撤销囊谦县香达乡，设立香达镇。撤销治多县当江乡，设立加吉博洛镇（镇政府驻地迁至县政府驻地加吉博洛格）。撤销曲麻莱县东风乡，设立约改镇（镇政府驻地迁至县政府驻地约改滩）。撤销杂多县结扎乡，设立萨呼腾镇（镇政府驻地迁至县政府驻地萨呼腾）；撤销旦荣、查当两乡，合并设立查旦乡（乡政府驻地设在原旦荣乡址）。撤销称多县赛河、称文两乡，合并设立称文镇（镇政府驻地设在原称文乡址）；撤销歇武乡设立歇武镇；撤销扎朵乡设立扎朵镇；撤销清水河乡设立清水河镇。撤销玉树县哈秀、结隆两乡，合并设立隆宝镇（镇政府驻地设在原结隆乡址）。

2006年8月，玉树州：新增2个镇，由10镇35乡调整为12镇33乡，乡镇总数（45个）保持不变。玉树县撤销下拉秀乡，设立下拉秀镇。称多县撤销珍秦乡，设立珍秦镇。

2013年7月3日，经国务院批准，同意撤销玉树县，设立县级玉树市，以原玉树县的行政区域为玉树市的行政区域。玉树市由玉树藏族自治州管辖。