历史上“玉树”为西羌之地，自隋唐时便是汉地与吐蕃、吐谷浑往来的必经之路，至宋代以“囊谦小邦”之名纳入黎州治下，元、明时期囊谦上层受中央管辖。明末清初蒙古和硕特部占据青海，笼络封赏玉树各部头人，至清朝雍正年间玉树地区为囊谦千户领地，划疆定界严控牧区，设置千百户，清查部落户口，受青海办事大臣直接管辖，清末玉树族内出现自成体系的7个百户或独立百长部落，一直隶属囊谦之下。

玉树地区

原本“玉树”仅是囊谦千户属下的四十族之一，玉树土司是一个百户部落，游牧于内地与西藏的必经之路即“唐蕃古道”要地，也是康藏文化的交汇点，民间盛传“玉树二十五族之角尖，卫藏三十九族之足底。上通卫藏，下接汉区，唐蕃古道穿境而过，长江、黄河出境东流”之说法。玉树藏胞纯朴好客，常以美味酥油茶、糌粑招待客人，往返此地的清朝官员对玉树部落颇为熟悉，官场上相互传说称为美谈，以至于只知有“玉树”，不知有“囊谦”，也就形成了以“玉树”称呼整个囊谦的习惯。

玉树地区群众

玉树平均海拔4000米以上，东南部为峡谷山地、中部山原滩地、西部丘状谷地，每年7、8月份草原牧草茂盛，处处可见绿草花团，是青藏大地上罕见的高原三角洲。《新唐书》记载玉树男子“唯务战与耕而已”；1914年，甘肃学者周希武《玉树调查记》载，粮食产地主要分布在通天河、澜沧江流域的河谷地带，“玉树二十五族中的其余各族食粮均仰给于此，以牛、羊、皮毛、酥油相互交易。”“玉树二十五族”的前身即清代囊谦四十族，因各部落分合演变，至中华民国时期经实地考察共分为二十五族，包括囊谦（千户部落）、优美、蒙古尔津等二十五族。

玉树儿童

尹昌衡入藏平乱于1914年途经玉树地区的囊谦，与当地部落有所接触，随即电告北洋政府：“隆庆二十五族报效投诚，原归川管。”所谓“隆庆”即“囊谦”的转音，其所指称的“隆庆二十五族”实际就是“玉树二十五族”。北洋政府批复“隆庆归四川，玉树归甘肃”，自认为妥善解决两省相争的纠纷，实际上则贻笑大方之家。马麒闻讯，上书甘督张广建并呈请北洋政府，称“以速收玉树为他日恢复卫藏之计”，提出要将玉树二十五族之地从四川收归甘边管辖，保障青海的西南防线，以防“蒙藏受英俄之愚弄脱离中国之保护而甘为他人之奴隶。”而且立即派麾下率军驻扎玉树与川军对峙，双方士兵相互指责对方越界，尹昌衡、马麒则向北洋政府上诉，最终决定重新调查勘界再做裁决。

《玉树土司调查记》

1914年8月甘督张广建推荐周务学担任“勘察边界大员”，与周希武、牛载坤等地理学者前往玉树实地调查，四川则派出勘界委员同行。一行众人绘制地图考以史籍，形成十余卷勘界图文，周希武撰写了《玉树调查记》，最终勘界团队完成报告呈递北洋政府，至1915年3月北洋政府明令玉树二十五族仍归甘肃管理，入境川边军队即行撤回，于是川、甘纠纷遂告终结。马麒随即在结古设置理事员，在玉树设立防区，派胞弟马麟为玉树防区司令，从西宁至玉树沿途设立交通站台，加强了其对玉树地区的控制。

通天河皮筏

玉树地区僧俗民众始终心向祖国，在历史上为反对英国分裂中国的阴谋做出了贡献。1919年英国胁迫北洋政府解决所谓“西藏问题”，遭到川、康、甘、滇各省反对，马麒亦通电进行有理有据的反对，时人评论马麒电文“即英人阅之，亦当无辞相争矣。”北洋政府采纳各省意见又迫于国内“五四运动”压力，遂拒绝与英人继续交涉。马麒建议遣使入藏谈判得到中央允许，甘督张广建与马麒派遣朱绣、李仲莲等人赴藏与达赖喇嘛谈判，其中同行的高僧有活佛古朗仓、拉卜尖贡仓，前者是甘清南宗寺红教活佛，后者是玉树地区活佛，两位活佛加入代表团为有效沟通注入了深厚感情，表现了玉树地区与内地、西藏同气连枝的特点，经过各方努力，终使达赖喇嘛回转心意服从中央，使英国分裂中国西藏的阴谋遭到彻底失败，维护了国家统一。

寺庙一角

1929年青海正式建省，玉树地区设置玉树、囊谦、称多3县，归玉树行政督察专员公署管辖。