元朝时，土族地区归元廷封授的土官管辖。明朝统治者继承元朝“封土司民”的政策，对他们“待之以礼、授之以官”，命其“各统其部落，以听征调、守卫、朝贡、保塞之令”(《明史·职官志》)。

清灭明后，土族地区的各土司先后率部归附于清朝，清承明制，发给其号纸印敕，准其照旧承袭，是为土司。清顺治十二年(1655年)，又授予东李土司李化龙之弟李化鳌世袭百户之职，是为小李土司。据清代部分史志记载，清代甘、青土族地区的土司共有十八家之多，其中青海土族地区十六家，即：东祁土司、西祁土司、东李土司、西李土司、吉土司、纳土司、陈土司、赵土司、辛土司、阿土司、冶土司、甘土司、朱土司、喇土司、汪土司、小李土司(李南哥后代)。甘肃卓尼勺哇土族原共有三大部落，藏文史籍中称为勺哇三族。明、清至解放前夕，勺哇土族属杨土司管辖，为上治三旗的勺哇旗，由力吾、拉代、的力、汇十那、萨迪、拉叭等七族组成。

清代自雍正、乾隆以后，土司权威有所削弱。到了清末，土司已处在名存实亡的境地。明、清时期，藏传佛教格鲁派传入土族地区后，青海互助土族地区出现了一种与封建土司制度并存的土官制度，这是西藏地方政教合一制度在青海互助土族地区的延续和发展。

明、清时期，土族的经济、生产有了较快的发展。土族已从一个主要从事畜牧经济的民族，发展成了一个以农业经济为主，兼营畜牧业、手工业的民族。由于河湟一带原有的农业基础较好，加之中原先进耕作技术的不断传入，促进了该地区土族农业经济及与之相伴随的手工业(如酿酒、纺织等)的发展。明、清时期是土族社会发展史上的一个重要时期，为以后土族社会的进一步发展奠定了基础。

辛亥革命以后，随着甘、青地区马家军阀势力的不断扩大和发展，除一少部分土族仍归封建土司统治外，大部分土族则由马家军阀所控制。

1929年元月，青海建省。1930年，青海土族聚居的民和、互助、门源等地相继设县，该地区的土族始归由县府管理。1931年8月，南京国民政府下令废除土司制度(互助土族地区政教合一的土官制度已于1930年废除)。这样，延续300余年的土官制度被彻底废除。

1938年，土族各村编组实行保甲制度。当时充任区长、保长、甲长者，仍以旧时的土司、土官或具有权势的上层分子占绝大多数。这一时期，由于马家军阀实行民族压迫和歧视政策，迫使土族人民或隐瞒自己的民族身份，或流落他乡，土族人口因此锐减。此外，自明、清以来，藏传佛教格鲁派在土族地区的广泛传播和发展，土族群众笃信佛教，多送子弟入寺为僧，这也影响了土族人口的正常增长。据有关调查显示，1930年以前，青海土族地区各土司所辖人口仅38,000余人。1933年，青海土族仅有30,000余人，其中互助县约1,000余户、近7,000人，民和县约2,000余户、10,000余人，乐都县312户、6,300人，大通县约5,000余人，共和县24户、89人(丘向鲁《青海各民族移入的溯源及其分布之现状》，载《新亚细亚》1933年5卷3期)。到1949年，互助、民和、天祝、大通等地的土族共有4万人左右。

为摆脱马家军阀统治，土族人民进行了不屈不挠的斗争。1945年，一些土族士兵参加了反抗马步芳统治的乐家湾兵变。

1949年9月5日，中国人民解放军解放了西宁市，统治青海各族人民近40年的马家军阀政权彻底覆灭。