截至2020年7月，海北藏族自治州共辖3个县、1个自治县，分别是祁连县、海晏县、刚察县、门源回族自治县。海北藏族自治州人民政府驻海晏县西海镇同宝路4号。

县

1.海晏县

海晏县位于青海省东北部，是黄河重要支流──湟水河的发源地。境内的青海湖是国家级重点风景名胜区和自然保护区，位于海晏县西南部，面积4456平方公里，是我国最大的内陆咸水湖。

2.祁连县

祁连县隶属青海省海北藏族自治州，因地处祁连山中段腹地而得名，北邻古丝绸之路的首要通道甘肃河西走廊，故有青海“北大门”之称。祁连县面积1.4万平方公里，占全州总面积的41%。

祁连是青海省重要的资源富集地区。矿产资源多样，号称“中国的乌拉尔”，是全省资源开发的重点县。

3.刚察县

刚察县为青海省海北藏族自治州辖县，省环湖重点牧业县之一，位于州境西部，青海湖北岸，面积8138.07平方公里。青（海）藏（西藏）铁路横贯全境，青（海）新（疆）公路、湟（源）嘉（峪关）公路通过境内，交通便利。

自治县

4.门源回族自治县

门源回族自治县位于中国青海省东北部，属海北藏族自治州管辖，在海北藏族自治州东部，东部和北部与甘肃省相邻，总面积6896平方公里。门源县原名“亹源”，因“亹”字书写起来太过复杂，后统一简化为同音字“门”。