蒙元时代，青藏高原首次纳入到了中央王朝的版图。明朝初期，试图继承元朝对藏区的管辖，于是册封了大量的僧官以及都司、宣慰司等。不过，明朝没有在青藏高原驻扎军队，没有派遣官员，也就是始终没有实现实际上的控制。17世纪，清朝崛起，又该如何管理青藏高原呢？

一，清朝对藏区的册封

在明朝时期，青藏高原先后出现了帕竹、仁蚌巴、辛厦巴、藏巴汗四个地方王朝，而在阿里一带又有古格王朝的割据。藏区地方政权的更替也伴随着宗教斗争，在帕竹时代，萨迦派得到元朝和明朝的支持，强盛一时。1576年，格鲁派得到了蒙古俺答汗的支持，由此成为了藏区最强盛的教派。格鲁派采取“活佛转世”的方式来决定继承人，最高宗教领袖为达赖喇嘛。

俺答汗

1588年，三世达赖喇嘛圆寂，新任达赖喇嘛从漠南蒙古土默特部选出，为云丹加措，拉萨方面只好承认。为了支持四世达赖喇嘛，蒙古方面派遣武装力量进入了拉萨。1616年，云丹加措圆寂，此后各教派之间再次发生斗争。1621年，格鲁派再次请青海土默特部入藏，击败了藏巴汗军队，确立了第五世达赖喇嘛的继承人。不久，土默特部被喀尔喀部却图汗击败，却图汗支持噶举派，于是派遣1万人进藏，格鲁派面临巨大的危机。

关键时刻，卫拉特的和硕特部固始汗于1637年进入青海，击败了却图汗军队。此后，格鲁派的地位进一步巩固下来。固始汗进入青海后，不断扩张势力，征服了康区和卫藏，于1642年灭了噶举派支持的藏巴汗王朝，建立了和硕特汗国。固始汗将达赖喇嘛驻地从日喀则迁移到拉萨，扶持了甘丹颇章的政权。为了牵制达赖喇嘛，固始汗让班禅四世主持管理后藏。

此时，清朝已经建立，并且开始利用宗教来控制蒙古各部。1639年，清朝邀请了一批藏区高僧到满洲讲佛法。此时的固始汗需要在清朝和明朝之间做出选择，固始汗认为明朝即将灭亡，清朝冉冉升起，于是决定臣服于清朝。固始汗在占据青海后就派遣使者到盛京朝觐。占据西藏后，固始汗再次派遣达赖喇嘛、班禅为首的使团到达了盛京，得到了皇太极的隆重接待。随后，皇太极派遣使团进入西藏，对固始汗、达赖喇嘛、班禅等进行了册封。

1644年，清朝“定鼎燕京，以绥中国”。第二年，固始汗派遣儿子到北京朝觐，表示“无不奉命”。此后，固始汗和藏区宗教领袖几乎每年都到北京朝觐。1654年，固始汗去世，和硕特汗国陷入内乱，最终由达什巴图尔管理青海，达延汗管理西藏，而达赖喇嘛的地位也迅速增长起来。这种局面，为准噶尔部进入青藏高原提供了便利。

二，康熙的“驱准入藏”：对西藏实现了实际上的控制

1682年，拉达克王进入西藏西部的古格王朝，西藏作为古格的宗主，派遣军队来援助。战争的次年，五世达赖喇嘛圆寂。在这种危机的情况下，西藏的世俗领导桑结嘉措立即向清朝上奏，希望得到清朝的支持。与此同时，桑结嘉措也立即寻找新的达赖喇嘛，也就是仓央嘉措。康熙皇帝经过深思熟虑后，册封桑结嘉措为法王。为了能够在军事上获得支援，桑结嘉措决定和准噶尔汗国联合。

和硕特两汗对峙

康熙得知桑结嘉措的举动后，大怒，立即派遣使者到西藏指责其罪过，同时决定将西藏佛教大权交给班禅额尔德尼。不过，当时准噶尔汗国和清朝的战争打得非常的激烈，康熙皇帝还没有多余的精力管理青藏事务，于是只能承认仓央嘉措为新的达赖喇嘛。

1701年，和硕特汗国的达赖汗去世，其子旺札尔继承汗位。也就在这一年，康熙派遣军队攻克了康区的土司，并将之命名为“打箭炉”。该地区后来被康熙划给了四川省，也即是现在的川西高原。第二年，达赖汗次子拉藏台吉毒死旺札尔，夺取了汗位。此后，拉藏台吉和桑结嘉措的关系紧张。1703年，桑吉嘉措将拉藏台吉驱逐到了当雄，拉藏台吉立即调遣蒙古骑兵进攻拉萨。1705年，桑结嘉措统率西藏十三万户兵力和拉藏台吉大战，最终桑结嘉措战败被杀。

桑结嘉措被杀后，拉藏汗立即请求清朝方面废除仓央嘉措，试图立希意加措为第六世喇嘛。拉藏汗的意图很明显，也就是想自己控制西藏的军事、政治和宗教大权。清朝是新账旧账一起算，康熙先将仓央嘉措囚禁于北京，再派遣官员到西藏考察。经过考察后，康熙认为希意加措还年幼，需要经过几年考察才能决定是否可以担任喇嘛。1709年，康熙又派遣侍郎赫寿到西藏处理西藏事务，以牵制拉藏汗，这是清朝派遣驻藏大臣的开端。

拉藏汗的废除仓央嘉措的做法得不到西藏僧人的支持。为此，这些僧人在康区寻找到了仓央嘉措“转世”的灵童格桑嘉措，青海的和硕哥部将之进行了秘密的保护，以图和西藏方面抗衡。而准噶尔汗国的策妄阿拉布坦则暗中和西藏三寺的僧徒联系，并试图夺取格桑嘉措，以达赖号令西藏。另一方面，策妄阿拉布坦和拉藏汗实现了联姻，以麻痹其抵抗心理。为了引开清朝的注意力，策妄阿拉布坦派遣军队骚扰清朝驻扎在哈密的军队。康熙认为这是策妄阿拉布坦试图进攻青海的前奏，于是调遣了3000军队守卫青海周边。

策妄阿拉布坦见青海防御严密，于是就直接进攻西藏。1717年，准噶尔汗国3000军队翻越昆仑山，长驱直入拉萨，拉藏汗众叛亲离，被杀害。当然，准噶尔军队进入西藏后也发生了矛盾，其大将策凌敦多布占据西藏后，就和策妄阿拉布坦出现了嫌隙。而准噶尔军队在西藏也水土不服，病死很多。1718年，康熙命令色楞和额伦特带领2600军队进入西藏，由于两人意见不合，被准噶尔军队击败。随后，康熙任命十四子为统率，带领大军进入西藏，击败了准噶尔军队。

战争胜利后，清朝在西藏建立了实际上的统治。在行政上，康熙废除了和硕特汗和第巴的统治权，重新组建了噶伦政府，由五位噶伦分管西藏地方事务。军事上，康熙调遣3000名士兵驻扎西藏。在经济上，开通西藏到内地的驿站，为补给西藏的军粮服务。

三，清朝对青藏高原控制的巩固

康熙“驱准入藏”时，青海和硕特汗国的罗卜藏丹津试图进入西藏，恢复和硕特汗国统一青藏高原的局面。但是康熙第十四子胤禵拒绝其无理要求，只允许他协助派兵。击败准噶尔后，清朝又命令罗卜藏丹津与察罕丹津共领青海和硕特部，这让罗卜藏丹津更加不满。于是，他暗中联系准噶尔汗国，约定一起进攻清朝。

1723年，康熙皇帝去世，雍正即位，皇十四子回京奔丧。于是罗卜藏丹津趁机发动了叛乱，其部队多达20万人。随后，雍正派遣年羹尧和岳钟琪为将军，带领大军进攻青海。很快，罗卜藏丹津战败，逃亡准噶尔汗国。随后，清朝颁布了《青海善后事宜十三条》和《禁约青海十二事》，将青海蒙古族编为29个旗，“编制佐领，以扎萨克领之”。各旗划定游牧界限，规定不得强占牧地，不得互相统属，不得互相往来。从此，青海被纳入到了清朝的严密控制之下。

另外，雍正在1724年设置了青海办事大臣，成为了青海的最高军政长官。青海办事大臣的设置，改变了明朝以来青海藏区“但知有蒙古，不知有厅、卫、营、伍诸官”的状态。1727年，雍正又设置了驻藏大臣衙门。青海办事大臣和西藏大臣的设置，标志着清朝开始对青藏实行行政管理。

清朝驻藏衙门

不过，西藏内部的五位噶伦也有矛盾，相互倾轧。1749年，珠尔默特那木札勒在阿里发动了反叛。第二年，驻藏大臣诛杀其党羽。随后，清朝派遣四川总督策棱领兵入藏平叛。这次叛乱被平定后，清朝不在西藏册封噶伦为札萨克，于是西藏的行政大权全部掌握在清朝的手中。1751年，乾隆皇帝颁布了《西藏善后章程》十三条，此章程扩大了驻藏大臣的权力。

1784年，白教第十世夏玛巴对西藏地方政府不满，于是撤离到尼泊尔，联合尼泊尔侵略西藏。1792年，乾隆皇帝派遣军队击败了尼泊尔，并且迫使廓尔喀向清朝朝贡。此后，乾隆皇帝又要求以“金瓶掣签”认定达赖喇嘛、班禅喇嘛和其他呼图克图的转世，并颁布了《藏内善后章程》二十九条，详细规定西藏的宗教事务、外事、军事、行政和司法权力，以及达赖、班禅转世程序，地方政权的组织结构，并划分了西藏和青海、四川、新疆等省份的边界。乾隆皇帝颁布的文件，从法律上奠定了中国在西藏的主权地位，在历史上具有重要的地位。

在整个清朝前期，清朝对青藏高原的管理从名义上的册封发展到了实际上的行政管理，将青藏高原纳入到了中央王朝的版图之内。经过康熙、雍正、乾隆三代的经营，青藏高原在行政上被划分为了青海、西藏、川西三大板块，基本上奠定了现在青藏的区划格局。综上所述，清朝对青藏高原的经营取得了巨大的贡献。