瞿昙寺位于乐都县曲坛乡所在地，南距县城约17公里。藏语称"卓仓拉康果丹代"，亦称"卓仓多杰羌"，意为"卓仓持金刚佛寺"，附近群众俗称"拉康囊"，意为"佛堂内"。瞿昙寺的创建者是三罗喇嘛，法名为桑杰扎西，俗称海喇嘛，生于元末至正年间，明永乐十二年（公元1414年）卒，系西藏洛扎县卓垅人，是噶玛噶举派高僧。三罗喇嘛约在明初从西藏游历来到青海，曾长期在青海湖海心山静修，后移居乐都南山。

瞿昙寺全景

明洪武二十二年（公元1389年），因招降蒙古罕东等部之功被朱元璋请到京城，尊为上师，并颁旨由明廷拨款，于洪武二十五年（公元1392年）建寺，翌年寺院建成，朱元璋敕赐"瞿昙寺"匾额，加封三罗喇嘛为西宁僧纲司都纲，统辖当地十三族。

永乐年间，明成祖为了扩建瞿昙寺，曾派太监孟继为钦差，到瞿昙寺负责修建宝光殿、金刚殿及两廊和前山门等。

永乐十四年（公元1416年），封三罗喇嘛之侄班丹藏布为"灌顶净觉弘济大国师"，并颁给镀金银印一枚，上镌"灌顶净觉弘济大国师玺"字样。明宣宗时又颁旨增修隆国殿、后钟鼓楼、左右回廊及碑亭两座。

瞿昙寺是一座明代汉式宫廷建筑风格的古刹，素有"小故宫"之称。整个寺院依山傍水，高低错落，气势宏伟。全寺有三个院落，由山门、左右碑亭、金刚殿、瞿昙殿、宝光殿、隆国殿、护法殿、三世殿以及左右回廊、钟鼓楼等主要建筑组成。其中，瞿昙殿、宝光殿、隆国殿为该寺主体建筑，殿宇宏伟，工艺精湛。整个寺院建筑占地41.36亩，整个布局和殿堂的飞檐、斗拱、画栋、藻井等具有明代宫殿风格，寺内现存明代汉藏文对照御制碑，明清匾额10块、明宣德二年铸造的青铜巨钟1口、香炉3鼎、明钹、象牙佛珠、檀香木佛珠、石雕米拉日巴像以及明清统治者所赐金印、象牙印、景泰蓝花瓶等许多珍贵文物。

瞿昙寺内的古建筑

瞿昙寺厢廊壁画约400平方米，技法纯熟，有敦煌壁画的艺术特色，其内容除反映佛陀本生、业绩等宗教题材外，也有反映历代皇帝扶植瞿昙寺和该寺上层人物进京的内容。

瞿昙寺从初建到后来的扩建，都得到明王朝的大力扶植，明朝封三罗喇嘛为西宁僧纲司都纲，成为西宁卫的宗教首领。明代历朝皇帝为瞿昙寺赐匾额、修佛堂、立碑记、封国师、赐印诰，以瞿昙寺为纽带，加强对河湟流域以及柴达木地区的统治。三罗喇嘛的家族成员定居瞿昙寺一带，世代为当地土官，该家族因来自卓垅，故称"卓仓"，当地发音作"角仓"，后来逐渐成为乐都南山地区的地名。由于三罗喇嘛与藏传佛教噶举派祖师玛尔巴同族，故称其家族为"玛尔仓"，意为"玛尔家族"，当地音变为"梅氏家族"。