沙陀寺亦称“沙托寺”、“尕旦寺”藏语称“扎西群科林”，意为“吉祥法轮洲”。

该寺始建于1665年，属宁玛派。据传，这里很早有一祭祀山神的“俄博”。清顺治十年（1653），第五世达赖喇嘛罗桑嘉措进京觐见顺治皇帝，返回西藏时途经青海湖，在这里举行过祈祷海神护佑的宗教活动。从此，沙陀成为宗教圣地吸引无数信徒到此煨桑拜佛。此后，在这里形成一座帐房寺院，经同德郎加高僧尕日旦经营后，这里佛事更加兴隆。

至1941年，在原来俄博的基础上建成一座经堂，占地400多平方米，约30间，并建有僧舍300间，聚僧130人，成为环海地区较有影响的宁玛派寺院。

该寺原来大经堂飞檐画栋，赭墙香饰，屋顶饰有金龙、经轮，佛坛香烟日夜镣绕，加之青海湖水风光，颇为壮观。

1958年前，有寺僧120 余人，由活佛嘎日主持寺务。1958年后寺院拆毁，仅余断瓦颓垣。

1962年西北民族民族工作议后，寺院一度重开，新建经堂6间，僧舍35问，购置了一些佛像、经典和常用法器。1967年第二次关闭。

1981年7月5日再次批准开放，1982年9月于现址新建经堂1座25问，僧舍87间，新建沙陀寺仍然依山傍水，寺门轩昂，建筑雕梁画柱、亦甚精美。还有6亩多防风固沙黑刺林、约3000多珠。