门源县又名亹源县，因亹字书写不变，后改名门源县。大通河又叫浩门河，浩门河流至门源因地势平坦形成沼泽地，被人误以为是浩门河的源头，故名门源县，今恢复亹源县。

清雍正二年（公元1724年），清军平定罗卜藏丹津反清事件后，置大通卫。次年筑大通城（今门源县城）。乾隆九年（公元1744年），移大通卫于今大通有到城关镇。乾隆二十六年（公元1761年），改卫为县，门源系大通县属红山、永安两堡。民国十八年（公元1929年），由大通县划出北大通的红山堡、永安堡和祁连八宝、阿力克一带，西宁县划出仙米寺、珠固寺属一带地方，设置门源县，属青海省管辖。1949年9月10日，门源解放，9月16日，成立门源县人民政府。1953年12月19日，建立民族区域自治政权门源回族自治区。1955年6月，改名为门源回族自治县。

面积：约6902平方公里。

亹源站：兰新高铁。

永安镇

1725年（清雍正三年）。是抚远大将军年羹尧镇压罗布藏丹增叛乱后，为稳定西北边境，繁荣西部经济，在甘肃、青海通道咽喉之畔建立的永安营，200多年来这里一度商人云集，是雪域繁华的商贸重镇。

今将祁连县东部多隆河流域，门源县西部菜日图河、永安河流域的两个乡镇合并为永安镇，将镇址迁回到永安城东侧、永安滩北侧，建立永安古城保护区。

面积：约1542平方公里。

辖区：由皇城乡542.61、多隆乡1000。

青石嘴镇

新中国初期青石嘴是亹源县第四行政区丰聚乡所属的荒凉小村。1958年后宁张、门青公路呈T字型通过镇区成为亹源县沟通河西走廊河渥湿地的交通枢纽。随着祁连山铜矿、铁矿、煤矿的发展，门源马场、浩亹农场的不断扩张，60年代初期已具城镇规模，逐步成为亹源县西部的一个工业、农业、商业、饮食服务业、文化教育的中心。

面积：约1070平方公里。

辖区：青石嘴镇248、北山乡西部50（总93）、浩门镇西部78（总378）、苏吉滩乡694。

浩门镇

1724年（清雍正二年）、在此置大通卫，雍正三年、筑大通城。1744年（乾隆九年），移大通卫治白塔城（今大通县城关镇，后复名白塔镇），而改成“北大通”。

1929年（民国十八年），以浩亹镇为治所设亹源县。

根据【西宁府新志、地理、山川】及【大通县志、建制沿革】记载，“亹源古城”为宋神宗熙宁年间（1068年—1071所）所筑，筑城年代又一说为1099年-1125年。原名达南城，崇宁二年改为大通城，浩亹河因此更名大通河。

据史册记载，此城建筑后210年间，金夏曾交替占领过此城，元代沿用，明代洪武八年修复此城，屯兵戌守。

面积：约1347平方公里。

辖区：北山乡东部43（总93）、西滩乡65、泉口镇267、浩门镇东部300（总378）、麻莲乡100、阴田乡120、东川镇452。

仙米镇

据【安多政教史】记载，1584年（明万历十二年），第三世达赖喇嘛来此活动，曾倡议建寺。1623年（明天启三年），当地僧人衰噶嘉措（第三世阿穹佛）从西藏叶尔巴寺请来拉日堪钦-才旦顿珠主持修建仙米寺。不久，佑宁寺的小松不丹却坚赞主持寺务，扩建寺院，建成四层楼高的大佛堂和具有60根柱子的大经堂，设立显宗学院，寺僧增至百余人，发展成为海北地区最大的格鲁派寺院，冠盖一方。

仙米寺，位于门源县仙米乡，原名“塞尼寺”，又名“显明寺”、“先密寺”。

故名仙米镇，仙米寺位于仙米乡驻地大庄村。

面积：1564平方公里。

辖区：仙米乡1564。

珠固镇：

据【安多政教史】记载，早在明代后期、这里已经有供藏僧修行的静房，1644年（清顺治元年），原西藏哲蚌寺郭莽扎仓主持、今大通县广惠寺的创建者赞布-敦珠嘉措（1616-1665），受四十达赖喇嘛云丹嘉措指派，资助该静房僧人仙米尼丹巴、多隆贡巴、哇萨贡巴将原有静房扩建为珠固寺。

珠固寺位于镇东二十多公里、浩门河北岸七、八公里珠固寺沟内。

故名珠固镇、镇内有珠固村、村有珠固寺、寺位于珠固寺沟。

面积：约1017。

辖区：珠固乡1017。