青海土司在国家统一、民族团结、边疆稳定、经济发展方面做了重要的贡献，但遭受了数次重创。第一次是重创是明末的李自成起义。

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这里抛开立场，仅从青海土司和朱明王朝的记载看一下这场战争给土司带来的惨败结局。

思宗崇祯十六年(1643年。另《西宁府新志》记载为十五年)十一月，李自成起义军将领贺锦进入诺大的河西走廊，然"独西宁不下"，气的咬牙，于是派明朝降将鲁文彬(此人不是鲁土司家人)翻越祁连山去敲西宁这块硬骨头。

消息比人走得快，当地土司李部、祁部和甘肃省连城鲁部得知情况的，歃血为盟，坚决迎战。这三家土司算是兵强马壮，在河湟地区苦心经营多年，从明初归顺后就一直很受朱元璋的待见，并且三家也是亲戚关系。既是朱明的铁杆粉丝，又是很铁的亲戚关系。 李自成部非要攻打西宁地区，李祁鲁当然是不答应的，于是就杠上了。

1644年2月，土司们将前来敲硬骨头的鲁文彬乱箭射杀，给贺锦部一个震慑。贺锦知道鲁文彬阵亡的消息后，气得鼻子都歪了，我大顺军在闯王的领导下所向披靡，你小小几个土兵，不快快投降，还居然杀了我大顺军将领，太瞧不起人了，我得要给你点颜色看看。于是带着一群人马，从甘州南下，千里奔袭。一阵狂操作，活捉了鲁允昌，命他投降。鲁允昌也是条汉子，给你一群小"流寇"投降太没面子了，于是脑袋不要了。

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贺锦这边认为初战告捷，倍受鼓舞。来劲了不是，乘胜攻打西宁地区。依实力，土司的土兵们虽兵强马壮，然而自北元被打败后就基本上没有打过像样的仗了，根本不是这些多年征战的起义军的对手，而且敌众我寡。那就得动动脑子想想办法，几个人和当地生员胡琏器一合计，联络周边申中族千户完中等，在西宁南川设下埋伏，说我们打不过要谈谈。贺锦被胜利冲昏了头脑，单刀赴会却中了埋伏。土司们轻取贺锦首级。

这一来，激起了贺锦的部将辛思忠(此人不是辛土司家人，有的书写成辛恩忠)的愤怒。于是一场大规模的血雨腥风开始了。 一仗下来，青海东李土司李天俞妻汪氏、妾劻氏跳崖自尽，两个弟弟天命、天翕毙于钢锋，“部落死难者三百余人(另一说千余口)”，家园烧成焦土。西李土司李洪远及其妻祁氏、“家人死难者百二十人"，家资焚掠如洗。甘土司被抄家。祁、鲁部伤亡不详。土官指挥同知李天俞、土官指挥使祁廷谏被俘并押解到西安。鲁允昌的儿子鲁宏也被起义军掳到河南。土司们惨败。

人算不如天算，正当李自成高兴之际，半路杀出个程咬金，清军入关，李自成的起义军很快土崩瓦解。清军释放了李天俞和祁廷谏，让他们现身说法招抚河湟各土司归顺清朝，"仍赐以原职世袭"。自此，青海的土司们顺手成了清朝的铁粉。